Perso je travaille avec Agent Web Ranking
http://www.agentwebranking.com/fr/

et je n'ai pas essayé d'autre solution hors prestation d'agence

D'après quelques lectures sur des forums SEO, 2 références semblent revenir souvent :

Advanced Web Ranking (différent d'agent web ranking)
SeeURank

J'ai testé les deux, je préfère SeeURank, mais la licence est assez chère.

En référencement concernant les softs, on trouve plusieurs types

- Les solutions / logiciels de ranking.
On a deux bons représentants en France Agent Web Ranking et Yooda. Les solutions de ranking prennent moins d'importance aujourd'hui dans le pilotage face au webanalytics. Elles rencontrent des soucis de blacklistage des IP de controle si trop d'interrogations des moteurs, ou comportements bizarres lors des recherche (genre scan sytématique des 10 premières pages). Donc si un logiciel de ranking reste utile pour des controles ponctuels, benchmark, évolution, etc.  les controles massifs tels qu'on les faisait il y a deux ans sont devenus obsolètes

- La boite à outil du référencement.
Un référenceur va utiliser tout un tas de petits outils au quotidien qui sont gratuits sur le web ou développés en interne selon nos besoins. Génération de sitemap, test des redirections, tri des mots cles, moulinettes diverses pour remplacer la saisie manuelle, simulation de crawl, désactivation du flash, CSS, javascript,  ect.
Dans le lot beaucoup sont disponibles avec des plugins FIREFOX.

- Les solutions de génération de pages satellites, d'index automatique ect.
Ce sont des arnaques. Cela ne marche plus depuis 2001, année du premier blacklistage d'une solution de ce type par Altavista. Mais on trouve toujours des pubs. Certaines agences en utilisent car une solution toute faite est plus facile à vendre que du conseil ou d'expliquer au client qu'il va devoir faire des modifications afin de positionner progressivement son site. Ces solutions existent également car elles sont utilisés en "black hat" (spam) par des casinos, ou des sites adultes... faites des recherches vous en trouverez. 

- Les solutions de webanalytics qui traquent bien le référencement naturel
Je précise car j'en ai vu chez des clients qui ne traquaient les sources des conversions que sur les campagnes de pub ??! "Réponse du prestataire webanalytics : la conversion sur le référencement naturel ? oui, bien sur, on peut le faire, mais il y aura des développements car l'outil ne le fait pas de base. " 

- Le webmaster tools Google permet quelques paramétrages et d'alerter sur les soucis de crawl. C'est un outil de référencement important.

C'est effectivement l'un des meilleurs outils pour faire du monitoring et des rapports régulier sur vos classements (mise à jour du logiciel et des moteurs quasi quotidienne, c'est important, et même Google Caffeine qui s'est ajouté cette semaine). Les résultats sont complet : visibilité, scoring (selon les entrées/sortie), compétition sur les mots-clés, comparaison avec vos concurrents et surtout un accès à l'API des outils de suggestion GG Suggest, Miva et Wordtracker (ce qui relativise le coût!). Enfin un bundle avec Advanced Link Manager (gestion des backlinks, recherche de nouveaux liens de qualité)  permet d'avoir une solution complète pour ses campagnes SEO.
AWR semble très complexe au premier contact, mais il permet de tout customiser, c'est ce qui fait de l'outil une solution pratique pour traiter des rapports de vos clients en insérant votre entête par exemple.